Ríos del bajo Cauca, Chocó y Nariño registran los casos más críticos. En 2013 la Contraloría Delegada de Minas y Energía alertó de niveles de mercurio en el río Cali.

Por año, un total de 205 toneladas de mercurio son vertidas en los distintos ríos de Colombia, especialmente en aquellos que se ubican en el bajo Cauca, Chocó y Nariño. Así lo informó Omar Franco, director del Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (Ideam). En total, indicó Franco, cada 365 días 300 millones de toneladas de sedimentos son arrojados a los distintos afluentes del territorio nacional. Colombia cuenta con un rendimiento hídrico promedio que equivale a seis veces la media mundial y a tres veces el de Latinoamérica; además de reservas de agua subterránea que triplican esta oferta y se distribuyen en el 74% del territorio nacional. Durante la presentación del 'Estudio Nacional del Agua: información para la toma de decisiones', Franco explicó que la distribución de las fuentes hídricas es desigual, ya que en las áreas Magdalena- Cauca y Caribe, donde se encuentra el 80% de la población nacional y se produce el 80% del PIB nacional, se estima que está solo el 21% la oferta total del agua superficial. Reveló que las condiciones más críticas del recurso hídrico asociadas a presión por uso, contaminación del agua, vulnerabilidad al desabastecimiento y a la variabilidad climática y condiciones de regulación, se concentran en 18 subzonas hidrográficas de Magdalena- Cauca y Caribe que abarcan 110 municipios con una población estimada de 17 millones 500 mil habitantes. Adicionalmene, confirmó que la afectación a la calidad del agua por cargas contaminantes del material biodegradable y no biodegradable, nutrientes, metales pesados y mercurio se concentra en cerca de 150 municipios que incluyen ciudades como Bogotá, Medellín, Cali, Barranquilla, Cartagena, Cúcuta, Manizales y Bucaramanga. Asimismo, sostuvo que la materia orgánica biodegradable vertida a los sistemas hídricos en 2012 se estima en 756.945 toneladas por año, mientras que la materia orgánica no biodegradable (sustancias químicas) supone unos 918.670 toneladas por año, siendo Bogotá, Cali, Medellín y Cartagena, los principales aportantes. De otra parte, advirtió que 318 cabeceras municipales pueden presentar problemas de desabastecimiento en épocas secas lo cual podría afectar una población aproximada de 11 millones 530.580 habitantes entre las cuales se destacan Buga y Palmira, Valle, Yopal, Neiva, Santa Marta, entre otras. El Director del Ideam además dijo que el estudio identificó una alta dependencia de Agua Verde (agua lluvia) en los sectores agrícola y pecuario lo que hace que estos sectores económicos sean vulnerables al cambio climático. Resaltó la identificación de 61 sistemas acuíferos, cuya ubicación geográfica coincide con subzonas caracterizadas por altas presiones de uso y contaminación, vulnerables al desabastecimiento, a la variabilidad y el cambio climático. En este orden de ideas, Ómar Franco afirmó que el agua subterránea se constituye en una alternativa para mejorar las condiciones de disponibilidad, aún en situaciones climáticas críticas por su alta resiliencia. Sin embargo, comentó que es necesario ampliar la frontera de conocimiento ideográfico en el país ya que sólo el 20% de estos sistemas se conoce con un nivel adecuado para la gestión, el aprovechamiento y, especialmente para la toma de decisiones en el ordenamiento ambiental del país. En este sentido, recordó que existe evidencia de la disponibilidad de Agua Verde y Agua Azul en el país, que corresponde al 97% y 3%, respectivamente, "demostrando el potencial de patrimonio hídrico natural de Colombia que ve más allá de los ríos lagos y acuíferos". "Esta herramienta se convierte en una evaluación integral de agua que también da a conocer las novedades temáticas, acordes a la cantidad de agua superficial y subterránea disponible en el país; a la calidad del agua respecto a las afectaciones y la vulnerabilidades del recurso; y a la distribución que se realiza por todo el territorio nacional. A su turno, el ministro de Ambiente, Gabriel Vallejo afirmó que el estudio demuestra que los colombianos debemos "cambiar nuestro relacionamiento con el agua". El Ministro recordó que Colombia es un país rico en el recurso hídrico, sin embargo con grandes retos en el manejo adecuado del mismo, por lo cual invitó a la ciudadanía a ahorrar agua. Resaltó el hecho de que los lugares en donde más se consume agua es donde menos existe el recurso hídrico, por lo cual invitó a las autoridades a generar planes para su regulación. Finalmente, el Ministerio de Ambiente destacó el trabajo del Ideam, y solicitó a las Corporaciones Autónomas Regionales contribuir en el uso eficiente del recurso hídrico, más en el marco del fenómeno de 'El Niño' que ya afecta algunas zonas del país. 

En septiembre de 2013 la Contraloría Delegada de Minas y Energía solicitó a la Procuraduría General de la Nación acompañamiento preventivo para realizar muestreos a las aguas del río Cali con el fin de determinar si existen altas concentraciones de mercurio por cuenta de la minería ilegal en zona montañosa de la ciudad.

Para entonces, Ana María Silva, contralora delegada de Minas y Energía, reveló que los niveles de mercurio en el río Cali, que abastece a más de 500.000 caleños, serían 1355% más de lo establecido por la norma, de acuerdo a estudios entregados por las autoridades ambientales del Valle.

- Aproximadamente el 62% de la lluvia en Colombia se convierte en oferta hídrica superficial equivalente un volumen de 2012 kilómetros cúbicos. - El área Magdalena -Cauca- tan sólo representa el 13.5% de esa oferta, mientras que el área del Amazonas representa el 37% de la oferta. - Se estima que en Colombia hay una oferta hídrica potencial de agua subterránea de 5.848 kilómetros cúbicos (reservas potenciales de aguas subterráneas) en las 16 provincias hidrográficas identificadas. - El total de agua que se demanda en diferentes sectores a nivel nacional es de 35.987 millones de metros cúbicos, que equivalen a 28 veces el volumen del embalse de Betania.