Después del triunfo en la Hacienda de Calibío, Antonio Nariño ocupa a Popayán donde permanece dos meses a la espera de más tropas y material de intendencia procedente del valle geográfico del río Cauca. Encarga nuevamente a José María Cabal de la vanguardia, y este con todo entusiasmo la asume con conocimiento del terreno donde había de transitar y en el que tan ingratos momentos vivió año y medio antes, cuando acompañó a Joaquín de Cayzedo y Cuero en su trágica campaña sobre Popayán y Pasto.
Investido como el más importante zapador de las tropas de Nariño, Cabal inició la marcha sobre Pasto y apenas comenzó el descenso hacia El Patía encontró un rosario de blancas osamentas de cadáveres insepultos de más de 400 patriotas vallecaucanos esparcidos a todo lo largo del camino hasta el río Juanambú. Pasmoso testimonio de la masacre por él mismo vivida el año anterior que ahora, agobiado, destocado de su sombrero desde lo alto de su cabalgadura, honraba a sus compañeros con respeto y estoicismo. Le bastó una semana para llegar a los sitios en Juanambú que tanto conocía, los cuales serían otra vez la tumba de muchos de sus soldados en los dolorosos días por venir.
Enormes formaciones geológicas que unas veces tocan los cielos y otras pican sobre profundos abismos, eran el marco después de haber transitado por las calurosas y resecas tierras del Patía. Este era un entorno acompañado de grandes vertientes como las de los ríos Mayo y Juanambú que desembocan al Patía en impresionantes raudales. Los afluentes eran barreras difíciles de franquear. La impresionante hondonada del Juanambú representaba el más poderoso obstáculo natural que defendía el flanco norte de la ciudad de Pasto. Por allí mismo había pasado Joaquín de Cayzedo y Cuero, tres años antes. Nariño, ante el infructuoso intento de cruzar con sus tropas el boquerón del Juanambú, logró vadear el río por el paso del Tablón de Gómez, en condiciones heroicas para el ejército patriota por los prolongados combates en las orillas del río que duraron dos semanas con la enorme pérdida, esta vez, de 450 vidas.
Después de múltiples acciones de combate, en territorio hostil, con la línea de comunicación cortada por la agreste topografía y sin suministro de víveres, se presentó Nariño en el páramo de Cebollas y en el de Tacines cerca de Pasto en franca arremetida contra las fuerzas pastusas -donde se distinguió José María Cabal- a las cuales recostó contra la ciudad. El 10 de mayo llegó con la vanguardia al Alto del Calvario desde donde divisó la población. Desde allí mandó un mensaje a José Ignacio Rodríguez, que venía con la artillería kilómetros atrás, para que avanzara mientras él penetraba a la capital de manera precipitada y torpe, dando comienzo a la Batalla de los Ejidos de Pasto. Esta acción se complicó cuando se vio rodeado en los suburbios y ejidos de la ciudad y fue repelido.
El pintor José María Espinosa, abanderado de tropa de Nariño quien estuvo presente en la batalla, describe en ‘Memorias de un abanderado’ que cerca del Calvario cayó muerto de un balazo el caballo del prócer. De inmediato cargaron sobre él dos soldados enemigos a ultimarlo. Sin poder abandonar a su caballo con una pierna aprisionada, aguardó que se acercasen, sacó sus dos pistolas y disparó matando a uno de ellos. En ese instante llegó el capitán Joaquín Paris con sus soldados salvándolo de una muerte segura o por lo menos de haber caído prisionero en ese momento.
Nariño intentó regresar al Alto del Calvario en busca de la ayuda, que nunca encontró. Rodríguez había desobedecido sus órdenes. Cobró así el regaño público de Calibío.