El 12 de octubre de 2012 Merlano fue sorprendido por patrulleros de la Policía en aparente estado de alicoramiento, pero se negó a realizar la prueba de alcoholemia.
El Consejo de Estado decretó la pérdida de investidura al senador Eduardo Merlano. El fallo se produjo porque el congresista se negó, en mayo del 2012, a la práctica de una prueba de alcoholemia que le reclamaron patrulleros de la Policía en Barranquilla. El entonces senador Merlano, quien conducía en aparente alicoramiento, discutió con los agentes y se negó a hacer la prueba argumentando que no estaba bajo los efectos del alcohol y gritándoles que él había sacado 50 mil votos en los comicios y que esa era razón suficiente para no aceptar el requerimiento. Por esos hechos, ya la Procuraduría lo había destituido e inhabilitado por 10 años para ocupar cargos públicos. En su presentación el procurador disciplinario Juan Carlos Novoa afirmó que tanto el senador como su abogado defensor trataron de "hacer creer" que hubo maltrato e irrespeto por parte de los policías que le solicitaron la prueba de alcoholemia.Para el Ministerio Público, los videos en los que quedó grabado el episodio de la noche del 13 mayo de 2012, demuestran que los uniformados no maltrataron al senador. "Contrario a lo que el disciplinado y su defensa han tratado de demostrar, la Sala le da credibilidad a lo expuesto por los uniformados", manifestó el procurador delegado. A esta decisión el senador del partido de la U presentó un recurso de nulidad, tras reconocer la falla que cometió y diciendo: "Reconozco mi imprudencia e intolerancia frente a las disposiciones de los integrantes de la Policía, solicitó que se tenga en cuenta que jamás busque entorpecer la labor de los uniformados".